正长岩

种间基因图谱

生物导体版本：释放（3.19）

`“orthogene”是一个R包，可以方便地在数百个物种之间绘制同源基因。它在**700+个生物体**上绘制了最新的基因直系图。它还提供了各种实用函数，以使用**1:1**、**many:1**、**1:many**或**many:many**种内和种间基因映射来聚合/扩展公共对象（例如数据帧、基因表达矩阵、列表）。

作者：布莱恩·席尔德

维护人员：Brian Schilder在校友会brown.edu>

引文（从R中输入引文（“正交”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“正交”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“正交”）

码头工人	HTML格式	R脚本
推断物种	HTML格式	R脚本
正长岩	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	比较基因组学,基因表达式,遗传学,系统发育学,预处理,软件,转录组学
版本	1.10.0
在生物导体中	生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.1）
进口	dplyr，methods，stats，utils，Matrix，jsonlite，同源物，gprofiler2，babelgene，data.table，parallel，ggplot2，ggpubr，拼凑，DelayedArray（延迟阵列）、grr、repmis、，ggtree（ggtree），工具
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/neurogenomics/正交基因
错误报告	https://github.com/neurogenomics/正交/问题

建议	rworkflows、remotes、knitr、，仿生风格、markdown、rmarkdown、testtat（>=3.0.0）、piggyback、magick、，基因组信息数据库数据，类人猿，植物醇，叶绿素（>=1.0.0），树工具，gimage，OmaDB公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我	EWCE公司
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	正交_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	正交_1.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	正交_1.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）	正交_1.10.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orthogene网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/orthogene
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/xortogene（网址：https://code.bioconductor.org/browse/xortogene）/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/正交烯/
软件包下载报告	下载统计信息