omics查看器
使用omicsViewer对SummarizedExpertionSet或ExpressionSet进行交互式探索性可视化
生物导体版本：释放（3.19）
omicsViewer以交互方式可视化ExpressionSet（或SummarizedExperiment）。omicsViewer有一个独立的后台和前端。在后端，用户需要准备一个ExpressionSet，其中包含下游数据解释所需的所有信息。对表型数据或特征数据的标题提出了一些额外的要求，以便前端可以清楚地识别所提供的信息，同时对现有的ExpressionSet对象保持最小的修改。对R/Bioconductor的纯粹依赖保证了后端统计分析的最大灵活性。一旦准备好ExpressionSet，就可以使用前端对其进行可视化，通过闪亮和巧妙的方式实现。可以从（数据）表或图表（散点图/热图）中选择特征和样本。不同类型的分析，如富集分析（使用Bioconductor软件包fgsea或fisher精确测试）和STRING网络分析，将在飞行中进行，并同时显示结果。当选择样本子集和表型变量时，对均值进行显著性检验（t检验或基于等级的检验；当表型变量是定量的时）或独立性检验（chi-square或fisher精确检验；当表现型数据是分类的时）将执行以测试感兴趣的表型与所选样本之间的关联。此外，可以很容易地将其他分析添加为额外闪亮的模块。因此，omicsViewer将极大地促进数据探索，可以在短时间内探索许多不同的假设，而无需了解R。此外，使用闪亮的服务器可以轻松共享结果数据。否则，通过将omicsViewer与便携R集成，可以轻松创建omics Viewer的独立版本以及指定的omics数据，便携R可以与合作者共享，也可以作为补充数据与手稿一起提交。
作者：陈梦[aut，cre]
维护人员：陈萌<gmail.com>上的孟晨18
引文（从R中输入引文（“omicsViewer”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“omicsViewer”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“omicsViewer”）
细节
| 生物视图 |
差异表达式,GeneSet扩展,MotifDiscovery公司,网络,网络丰富,软件,可视化 |
| 版本 |
1.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=4.2） |
| 进口 |
监督员,生存,快速比赛,重塑2,字符串,蜂群，gr设备，DT公司,闪亮的,发光体,闪亮小工具,巧妙地,网络D3,高温气冷堆,矩阵统计,R彩色啤酒,博科生物,fgsea公司,开放式xlsx,心理,闪亮的,ggseq标志,html小部件，图形，网格，统计，实用程序，方法，闪耀（shinyjs）,卷曲,flatxml,ggplot2,S4载体,总结性实验,RSQ网站,矩阵,小贩,收益率,数字版权所有 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/mengchen18/omicsViewer网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/mengchen18/omicsViewer网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
