八度音阶

开放式癌症治疗发现（OCTAD）

生物导体版本：释放（3.19）

OCTAD为针对精确癌症患者群体的虚拟筛选化合物提供了一个平台。其基本思想是通过抑制过表达基因和刺激弱表达基因来识别逆转疾病基因表达特征的药物。该软件包提供基于深度学习的参考组织选择、疾病基因表达特征创建、途径富集分析、药物逆转效力评分、癌细胞系选择、药物富集分析和电子版验证。它目前涵盖约20000例患者组织样本，涵盖50种癌症类型，以及约12000种不同化合物的表达谱。

作者：E.Chekalin[aut，cre]，S.Paithanhar[aut]，B.Zeng[aut].B.Glicksberg[ctb]，P.Newbury[ctb].J.Xing[ctb]，K.Liu[ctb].A.Wen[ctb〕，D.Joseph[ctb]，B.Chen[aut'

维护人员：E.切卡林<eygen.Chekalin at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“八进制”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“八进制”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“八进制”）

八进制	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,基因表达,GeneSet扩展,药物遗传学,药物基因组学,软件
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.2.0），马格里特,数字播放器,ggplot2,边缘R,RUVSeq公司,DESeq2公司,利马,rhdf5型,foreach公司,快速,八分贝，统计，高温气冷堆,qpdf格式,实验中心,批注中心,博科生物,S4载体
进口	EDASeq公司,GSVA公司,数据表,html小部件,巧妙地,重塑2，gr设备，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织者,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	八进制_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	八进制-1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	八进制_1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	八进制_1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/octad
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/八进制
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/octad网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/octad/
软件包下载报告	下载统计信息