空范围

通过引导或协变量匹配生成空范围


生物导体版本:释放(3.19)

用于生成表示零假设的范围集的模块化包。这些可以采取范围的自举样本的形式(使用Bickel等人2010的块自举框架),或在一个或多个协变量之间匹配的控制范围集。nullrange被设计为与用于分析基因组重叠富集的其他包(包括plyranges Bioconductor包)可相互操作。

作者:迈克尔·洛夫,万岑穆[aut],埃里克·戴维斯,道格拉斯·范斯蒂尔[aut],斯图亚特·李米哈伊尔·多兹莫罗夫(Mikhail Dozmorov)[ctb],蒂姆·特里谢(Tim Triche)[ctb),捷克共和国(CZI)[fnd]

维护人员:迈克尔·洛夫(Michael Love)<michaelisaiahlove at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“nullranges”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“nullranges”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“nullranges”)
0.nullranges简介 HTML格式 R脚本
1.bootRanges简介 HTML格式 R脚本
2.matchRanges简介 HTML格式 R脚本
3.匹配案例研究一:CTCF入住率 HTML格式 R脚本
4.匹配案例研究二:CTCF定位 HTML格式 R脚本
5.为matchRanges创建池集 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 ATACSeq公司,注释,ChIPSeq公司,DNA序列,表观遗传学,功能基因组学,基因调控,GeneSet扩展,基因目标,基因组注释,基因组广泛协会,HiddenMarkov模型,组蛋白修饰,RNA序列,软件,可视化
版本 1.10.0
在生物导体中 生物柴油3.14(R-4.1)(3年)
许可证 GPL-3公司
取决于
进口 统计数据,I范围,基因组范围,基因组信息Db、方法、,爱尔兰航空公司,S4载体,规模,交互集,ggplot2,gr设备,plyranges系列,数据表,进步,ggridges公司
系统要求
统一资源定位地址 https://nullranges.github.io/nullranges https://github.com/nullranges/nullrange
Bug报告 https://support.bioconductor.org/tag/nullranges网站/
查看更多
建议 测试那个,针织物,rmarkdown公司,千平方公里,DNA拷贝,RcppHMM公司,批注中心,实验中心,空范围数据,排除物,集成数据库,EnsDb公司。希腊.v86,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,拼凑,绘图员,数字播放器,呜呜声,马格里特,第三年,,图表R,tidy总结实验
链接到
增强功能
取决于我
导入我 潮汐学
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 零范围_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 空范围_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64) 零范围_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64) 零范围_1.10.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nullranges网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nullranges
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/nullranges网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/nullranges(https://bioductor.org/packages/nullranges)/
软件包下载报告 下载统计信息