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尼帕尔斯MCIA

NIPALS方法的多重共神经分析


生物导体版本:释放(3.19)

使用对(Hanafi等人,2010)中提出的非线性迭代偏最小二乘法(NIPALS)的修改,计算多块数据集的多重共线性分析(MCIA),这是一种降维(jDR)算法。允许行级和表级预处理的多个选项,并加快解释的方差计算。渐晕图详细介绍了体细胞和单细胞多组学研究的应用。

作者:马克西米利安·马泰西奇[cre],华金·雷纳[aut],Edel Aron[aut],安娜·康斯托勒姆[aut]

维护人员:马克西米利安·马泰西奇(Maximilian Mattesich)<Maximilian.mattesich at northwestern.edu>

引文(从R中输入引文(“nipalsMCIA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“nipalsMCIA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“nipalsMCIA”)
MCIA分解分析 HTML格式 R脚本
预测新MCIA得分 HTML格式 R脚本
单细胞分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 分类,群集,多重比较,规范化,预处理,单个单元格,软件
版本 1.2.0
在生物导体中 生物柴油3.18(R-4.3)(0.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.3.0)
进口 复杂热图、dplyr、,fgsea公司,ggplot2(>=3.0.0),图形,网格,方法,多重分析实验,总结性实验,pracma,rlang,RSspectra,比例,统计
系统要求
网址 https://github.com/Muunraker/nipalsMCIA
错误报告 https://github.com/Muunraker/nipalsMCIA/问题
查看更多
建议 生物文件缓存,仿生风格、circulaze、ggpubr、KernSmooth、knitr、piggyback、reformate2、rmarkdown、rpart、Seurat(>=4.0.0)、spatstat.explore、stringr、survivity、tidyverse、testhat(>=3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 尼帕尔斯MCIA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 nipalsMCIA_1.2.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) 尼帕尔斯MCIA_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) 尼帕尔斯MCIA_1.2.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nipalsMCIA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nipalsMCIA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/nipalsMCIA网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/nipalsMCIA/
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