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ngs报告

加载FastqQC报告和其他NGS相关文件


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包提供了方法和对象类,用于将FastQC报告和其他NGS工具的摘要输出到R中。此外,还实现了多种绘图方法,以可视化解析的数据。绘图可以生成为静态ggplot对象或交互式plotly对象。

作者:史蒂夫·佩德森(Stevie Pederson)[aut,cre]、Christopher Ward[aut]、Thu-Hien To[aut'

维护人员:史蒂夫·佩德森(Stevie Pederson)<stephen.Pederson.au at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“ngsReports”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“ngsReports”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ngsReports”)
ngsReports简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 质量控制,报告写作,软件
版本 2.6.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 LGPL-3型
取决于 R(>=4.2.0),生物遗传学,ggplot2(>= 3.5.0),拼凑(>= 1.1.1),易怒的(>= 1.3.1)
进口 生物串,将死,数字播放器(>= 1.1.0),对于猫,ggdendro公司,gr设备(>=3.6.0),网格,jsonlite公司,生命周期,杂交的、方法、,巧妙地(>= 4.9.4),重塑2,爱尔兰航空公司,市场营销,规模,统计,字符串,第三年,潮汐选择(>=0.2.3),实用程序,动物园
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/smped/ngs报告
错误报告 https://github.com/smped/ngsReports/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ngs报告-2.6.0.tar.gz
Windows二进制 ngs报告-2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) ngs报告_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) ngs报告_2.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsReports网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ngsReports
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ngsReports网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ngsReports网站/
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