ngs报告
加载FastqQC报告和其他NGS相关文件
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包提供了方法和对象类,用于将FastQC报告和其他NGS工具的摘要输出到R中。此外,还实现了多种绘图方法,以可视化解析的数据。绘图可以生成为静态ggplot对象或交互式plotly对象。
作者:史蒂夫·佩德森(Stevie Pederson)[aut,cre]
、Christopher Ward[aut]、Thu-Hien To[aut'
维护人员:史蒂夫·佩德森(Stevie Pederson)<stephen.Pederson.au at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“ngsReports”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“ngsReports”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“ngsReports”)
细节
生物视图 |
质量控制,报告写作,软件 |
版本 |
2.6.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5年) |
许可证 |
LGPL-3型 |
取决于 |
R(>=4.2.0),生物遗传学,ggplot2(>= 3.5.0),拼凑(>= 1.1.1),易怒的(>= 1.3.1) |
进口 |
生物串,将死,数字播放器(>= 1.1.0),对于猫,ggdendro公司,gr设备(>=3.6.0),网格,jsonlite公司,生命周期,杂交的、方法、,巧妙地(>= 4.9.4),重塑2,爱尔兰航空公司,市场营销,规模,统计,字符串,第三年,潮汐选择(>=0.2.3),实用程序,动物园 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/smped/ngs报告 |
错误报告 |
https://github.com/smped/ngsReports/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。