网络缩放
基因调控网络推理和分析的统一方法
生物导体版本：释放（3.19）
netZooR通过在网络推理和网络分析方法之间创建接口，将几个Network-Zoo方法（netzoo、netzoo.github.io）的实现统一到一个包中。目前，该软件包有3种网络推理方法，包括PANDA及其优化实现OTTER（使用多条生物证据线进行网络重建）、LIONESS（单样本网络推理）和EGRET（基因型特定网络）。网络分析方法包括CONDOR（社区检测）、ALPACA（差异社区检测），CRANE（差异模块显著性估计）、MONSTER（网络过渡状态估计）。此外，YARN允许处理用于组织特异性分析的基因表达数据，SAMBAR基于通路信息推断缺失的突变数据。
作者：马鲁恩·本·盖比拉[aut，cre]
，田旺[aut]、约翰·普拉蒂格[aut]、玛丽克·奎杰尔[aut]，梅加·帕迪[aut]Rebekka Burkholz[aut]，Des Weightill[aut，凯特·舒塔[aut]
维护人员：马鲁恩·本·盖比拉（Marouen Ben Guebila）<Marouen.b.Guebila at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“netZooR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“netZooR”）
细节
| 生物视图 |
基因表达式,基因调控,图形和网络,微阵列,网络,网络推理,软件,转录 |
| 版本 |
1.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0），记录仪,网状的,潘达R,纱线,矩阵（matrixcalc） |
| 进口 |
RCy3号机组,绿柱石,字符串db,博科生物,GOstats公司,注释Dbi,矩阵统计,政府.db,组织Hs.eg.db,矩阵,gplots（gplots）,奈特,数据表,素食主义者，统计，实用程序，重塑,重塑2,受到惩罚的，平行，do并行,foreach公司,ggplot2,ggdendro公司，网格，MASS（质量）,断言,三年、方法、，数字播放器，图形 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/netZoo/netZooR https://netzoo.github.io/ |
| 错误报告 |
https://github.com/netZoo/netZooR/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
