mslp（mslp）

预测肿瘤突变的合成致死伙伴

生物导体版本：释放（3.19）

基于基因表达、突变分析和细胞系基因筛查数据，预测肿瘤突变的潜在合成致死性伙伴（SLP）的集成管道。它内置了对cBioPortal数据的支持。分别使用基于随机森林的方法（GENIE3）和秩积预测与WT中muations相关并补偿突变功能损失的主要SLP。基因筛查用于确定普遍存在的SLP在受到干扰时导致细胞活力降低。

作者：邵春暄[aut，cre]

维护人员：邵春萱<outlook.com>

引文（从R中输入引文（“mslp”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“mslp”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“mslp”）

mslp（mslp）	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	药物遗传学,药物基因组学,软件
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（2年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.2.0）
进口	数据表(>= 1.13.0),doRNG公司,fmsb公司,foreach公司,马格里特,组织Hs.eg.db,pROC公司,随机森林,RankProd公司，统计，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	生物风格,do未来,未来,针织物,rmarkdown公司,氧气2,小测试
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	mslp_1.6.0.tar.gz号
Windows二进制	mslp_1.6.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	mslp_1.6.0.tgz格式
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mslp
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/mslp
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mslp/
包短Url	https://bioductor.org/packages/mslp/
软件包下载报告	下载统计信息