米菲
分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列
生物导体版本：释放（3.19）
用于分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。
作者：卡斯珀·丹尼尔·汉森[cre，aut]，马丁·阿里耶[aut]、拉斐尔·艾里扎里[aut]Andrew E.Jaffe[ctb]、乔瓦娜·马克西莫维奇[ctb]E.Andres Houseman[ctb]、Jean-Philippe Fortin[ctb]、蒂姆·特里奇[ctb4]、珊·安德鲁斯[ctb〕、彼得·希基[ctb'
维护人员：卡斯珀·丹尼尔·汉森（Kasper Daniel Hansen）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“minfi”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“minfi”）
细节
| 生物视图 |
DNA甲基化,数据导入,差异甲基化,表观遗传学,免疫肿瘤学,甲基化阵列,微阵列,多通道,规范化,预处理,质量控制,软件,双通道 |
| 版本 |
1.50.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 2.9（R-2.14）（13岁） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
方法，生物遗传学(>= 0.15.3),基因组范围,总结性实验(>= 1.1.6),生物串,颠簸猎人(>= 1.1.9) |
| 进口 |
S4载体,基因组信息Db,博科生物(>= 2.33.2),I范围,豆瓣,R彩色啤酒,晶格,nor1混合,西格涅斯,利马,预处理核心,照明(>= 0.23.2),延迟矩阵统计(>= 1.3.4),麦克鲁斯特,基因过滤器,国家实验室,重塑,质量,二次规划优化函数,数据表,地理查询、stats、grDevices、graphics、utils、，DelayedArray（延迟阵列）(>= 0.15.16),HDF5阵列,生物并行 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/hansenlab/minfi |
| 错误报告 |
https://github.com/hansenlab/minfi/问题 |
查看更多
| 建议 |
IlluminaHumanMethylation450k最佳(>= 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司(>= 0.2.1),minfiData公司(>= 0.18.0),最小数据EPIC,流式排序。血量450k(>= 1.0.1),RUnit（运行单位）,消化,仿生风格,针织物,rmarkdown公司，工具 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
大甜瓜,咀嚼,漏斗,甲基脲,REMP公司,IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19公司,IlluminaHumanMethylation27k最佳,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,IlluminaHumanMethylation450k最佳,Illumina人甲基化EPICanno.ilm10b2.hg19,Illumina人甲基化EPICanno.ilm10b3.hg19,Illumina人甲基化EPICanno.ilm10b4.hg19,IlluminaHumanMethylationEPIC清单,Illumina人类甲基化EPICv2anno.20a1.hg38,IlluminaHumanMethylationEPICv2清单,珠子已排序。唾液。史诗般的,流式排序。血量450k,流式排序。鲜血。史诗般的,流式排序。脐血450k,流式排序。脐血组合450k,流式排序。CordBlood挪威4.5万,流式排序。DLPFC.450k型,minfiData公司,最小数据EPIC,甲基化阵列分析 |
| 导入我 |
去变频,DMR类别,表观突变子,funtoo标准,iNET格栅,用餐,肉类,甲基援助,甲基CC,甲基时钟,甲基脲,甲基错误,量子,重新计算甲基化,神童（shinyepico）,闪亮甲基,串肉串,HiBED公司,环境管理体系 |
| 建议我 |
epivizr公司,epivizr图表,GeoTcga数据,哈曼,mCSEA公司,多数据集,行星,Rn珠子,brge数据,表观变异数据,邮编159526,MLML2R型 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
