有条不紊的

发现甲基化与转录活性密切相关的基因组区域

生物导体版本：释放（3.19）

DNA甲基化通常被认为与转录沉默有关。然而，对这种关系的全面、全基因组研究需要评估单个基因组位点甲基化与相对大量样本中相关转录物表达之间潜在的数百万相关值。Methodical使这一过程快速而简单，同时保持低内存占用。它还提供了一种新的方法，用于识别一些甲基化位点与转录表达密切相关的区域。此外，Methodical可以用一个通用框架存储来自不同来源（例如WGBS、RRBS和甲基化阵列）的DNA甲基化数据，提升不同基因组构建之间的DNA甲基化数据，并创建DNA甲基化和转录起始位点转录活性之间关联的碱基解析图。

作者：理查德·海利[aut，cre]

维护人员：理查德·海利（Richard Heery）<richardheery at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“有条不紊”）):

安装

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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“有条不紊”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

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计算_甲基化_翻译_相关性	HTML格式	R脚本
识别tmrs	HTML格式	R脚本
使用meth_res工作	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
安装	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	DNA甲基化,基因组广泛协会,甲基化阵列,软件,转录
版本	1.0.0
在生物导体中	生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月）
许可证	GPL（>=3）
取决于	基因组范围,ggplot2，R（>=4.2.0），总结性实验
进口	生物并行,生物串,牛基因组,奶牛场,数据表,DelayedArray（延迟阵列）,数字播放器,实验中心,foreach公司,基因组信息数据库,HDF5阵列,I范围,R.utils公司,Rcpp辊,rhdf5型,rtracklayer公司,S4载体,规模,易怒的,第三年
系统要求	卡尔利斯托
统一资源定位地址	https://github.com/richardheery/methodical网址
错误报告	https://github.com/richardheery/methodical/issues

建议	批注中心,注释器,仿生风格,英国基因组。阿塔利亚纳。TAIR公司。TAIR9公司,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校19号,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,DESeq2公司,针织物,methrix公司,rmarkdown公司,肿瘤MethData
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程序包档案

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源程序包	methodical_1.0.0.tar.gz方法
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	方法_1.0.0.tgz
macOS二进制（arm64）	方法_1.0.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methodical网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/方法
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methodical网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/methodical网站/
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