水手

水手:探索Hi-C


生物导体版本:释放(3.19)

用于在R中操作成对区域和处理Hi-C数据的工具。功能包括操作/合并成对区域、生成成对范围、从`.hic`文件中提取/聚合交互以及可视化结果。专为与用于可视化的plotgardener兼容而设计。

作者:埃里克·戴维斯

维护人员:埃里克·戴维斯<ericscottdavis at outlook.com>

引文(从R中输入引文(“水手”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“水手”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“水手”)
水手简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 功能基因组学,HiC公司,软件,可视化
版本 1.4.0
在生物导体中 生物柴油3.17(R-4.3)(1.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.2.0)
进口 方法,S4载体,生物遗传学,生物技术经理,基因组范围,交互集,数据表,统计,爱尔兰航空公司,,断言,plyranges公司,马格里特,聚类算法,呜呜声,进步,基因组信息Db,吸管(>= 0.0.91),DelayedArray(延迟阵列),HDF5阵列,阿宾德,生物并行,I范围,总结性实验,rhdf5型,绘图员,R彩色啤酒,颜色值,utils,grDevices,图形,网格
系统要求
统一资源定位地址 http://ericscottdavis.com/mariner/
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建议 针织物,测试那个(>= 3.0.0),数字播放器,rmarkdown公司,实验中心,水手数据
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 水手_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 水手_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64) 水手_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64) 水手_1.4.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mariner网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/水手
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/mariner网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/mariner网站/
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