脂质

脂质组学数据集的数据挖掘与分析

生物导体版本：释放（3.19）

lipidr是一个易于使用的R包，实现了下游分析目标和非目标脂质组学数据的完整工作流。lipidomics结果可以作为数字矩阵或Skyline导出导入lipidr，从而集成到当前的分析框架中。通过与Metabolomics Workbench API集成，实现了脂质组学数据集的数据挖掘。lipidr允许数据检查、归一化、单变量和多变量分析，显示信息可视化。lipidr还实现了一种新的脂质集富集分析（LSEA），利用诸如脂质类别、总链长和不饱和度等分子信息。

作者：艾哈迈德·穆罕默德、艾哈迈德·穆罕默德[aut]、杰弗里·莫伦迪克[aut]

维护人员：艾哈迈德·穆罕默德（Ahmed Mohamed）<Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>

引文（从R中输入引文（“lipidr”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“lipidr”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“lipidr”）

lipidr工作流	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	脂质组学,质谱学,规范化,质量控制,软件,可视化
版本	2.18.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.6.0），总结性实验
进口	方法、stats、utils，数据表,S4载体,爱尔兰航空公司,数字播放器,第三年,对于猫,ggplot2,利马,fgsea公司,ropls公司,插补LCMD,马格里特
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/ahmohamed/lipidr
Bug报告	https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues网站/

建议	针织物,rmarkdown公司,生物风格,gg排斥,巧妙地,拼写,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	麦戈斯林
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	脂质_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	lipidr_2.18.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	脂r_2.18.0.tgz
macOS二进制（arm64）	脂r_2.18.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lipidr网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/lipidr
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lipidr网址/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/lipidr网站/
软件包下载报告	下载统计信息