核倍体R
绘制可自定义的线性基因组,显示任意数据
生物导体版本:释放(3.19)
核型图R创建任意基因组的核型图,并提供一套完整的功能来绘制任意数据。它模仿了许多基于R的图形功能,将它们与坐标更改功能相结合,自动将染色体和数据坐标映射到绘图坐标中。除了提供的数据绘图功能外,很容易添加新的功能。
作者:伯纳凝胶[aut,cre]
维护人员:Bernat凝胶<bgel在igtp.cat>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“染色体核型”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览Vignettes(“核型图”)
细节
生物视图 |
ChIPSeq公司,副本编号变化,新闻报道,DNASeq公司,数据导入,甲基Seq,一个频道,排序,软件,可视化 |
版本 |
1.30.0 |
在生物导体中 |
生物碳3.5(R-3.4)(7.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.4),区域R,基因组范围,方法 |
进口 |
区域R,基因组范围,I范围,Rsamtools软件、统计、图形、,备忘录,rtracklayer公司,基因组信息Db,S4载体,biovizBase公司,消化,贝塞尔,基因组特征,竹信号,注释Dbi,gr设备,变量注释 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://github.com/bernatgel/kryploteR |
Bug报告 |
https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues |
查看更多
建议 |
仿生风格,针织物,rmarkdown公司,降价,测试那个,马格里特,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。UCSC.hg19.屏蔽,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10已知基因,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,pasillaBamSubset系列 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
复制数字图 |
导入我 |
CNV过滤器,CNViz公司,多棱镜 |
建议我 |
类别,EpiMix公司,UPDhmm(更新),MitoHEAR公司 |
指向我的链接 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。