免疫调节

使用不同免疫基因的工具

生物导体版本：释放（3.19）

MHC（主要组织相容性复合体）分子是向T细胞提供抗原的细胞表面复合体。给定遗传背景下的抗原库在很大程度上取决于编码MHC分子的序列，因此，在人类中，取决于超多态HLA位点的高度可变HLA（人类白细胞抗原）基因。据报道，已有28000多个不同的HLA等位基因，世界各地人群的等位基因频率存在显著差异。大规模生物信息学工作流程中HLA等位基因的可复制性和一致性注释仍然具有挑战性，因为可用的参考数据库和软件工具通常使用不同的HLA命名方案。包免疫为HLA基因在典型免疫信息学工作流程中的一致注释提供了工具，例如预测不同人类供体中MHC呈现的肽。提供不同HLA命名方案之间映射的转换器功能基于MHC限制本体（MRO）。该软件包还可以自动访问储存在等位基因频率网络数据库中的全球人类参考人群中的HLA等位基因的频率。

作者：凯萨琳娜·伊姆凯勒[cre，aut]

维护人员：凯萨琳娜·伊姆凯勒（Katharina Imkeller）<k.Imkeller at dkfz.de>

引文（从R中输入引文（“免疫”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“免疫”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“免疫”）

用户指南免疫	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	注释,生物医学信息学,遗传学,免疫肿瘤学,软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.1）
进口	字符串,本体索引,卷曲,ggplot2,阅读器,服务器,第三年,xml语言2,地图,爱尔兰航空公司
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/imkeller/immunitation/issues

建议	生物遗传学,rmarkdown公司,仿生风格,针织物,测试那个,DT公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	免疫抑制_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	免疫抑制剂_1.12.0.zip
macOS二进制（x86_64）	免疫抑制剂1.12.0.tgz
macOS二进制（arm64）	免疫抑制剂1.12.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/immunotation网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/免疫
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/imunostation（网址：https://code）/
包短Url	https://bioductor.org/packages/免疫/
软件包下载报告	下载统计信息