imcR工具

成像质量细胞仪数据分析方法

生物导体版本：释放（3.19）

此R包支持处理和分析成像质谱仪和其他高度复用的成像数据。主要功能包括在图像分割和测量后读取单细胞数据、进行通道溢出校正的数据格式以及一些空间分析方法。首先，通过空间图形构建检测细胞间的相互作用；这些图可以用表示节点的单元格和表示边的交互来可视化。此外，对每个细胞及其直接邻域进行总结，以允许进行空间聚类。根据图像/分组级别，对不同类型细胞之间的相互作用进行计数、平均并与随机排列进行比较。通过这种方式，可以检测到比预期更频繁（吸引）或更少（回避）交互的细胞类型。

作者：尼尔斯·埃林[aut]、托比亚斯·霍赫[ctb]、维托·扎诺特利[ctb]]、贾娜·菲舍尔[ctb〕、丹尼尔·舒尔茨[ctb，cre]，拉斯·梅耶

维护人员：丹尼尔·舒尔茨（Daniel Schulz）

引文（从R中输入引文（“imcRtools”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“imcRtools”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“imcRtools”）

IMC数据分析工具	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	群集,数据导入,免疫肿瘤学,单个单元格,软件,空间
版本	1.10.0
在生物导体中	生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.1），空间实验
进口	S4载体，统计，实用程序，总结性实验、方法、，情势图,舷窗,字符串,阅读器,EB图像,细胞描记器,阿宾德,BiocParallel公司,翡翠色,数字播放器,马格里特,DT公司,记录仪,单细胞实验,虚拟房间,生物邻居,R三角形,gggraph图,潮汐记录仪,ggplot2,数据表,平方英尺,凹地人,潮汐选择,距离,矩阵泛型,爱尔兰航空公司，gr设备
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/BodenmillerGroup/imcR工具
错误报告	https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools/issues网站

建议	催化剂，网格，第三年,仿生风格,针织者,rmarkdown公司,降价,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	辣味R
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	imcR工具_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	imcR工具_1.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	imcR工具_1.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcRtools
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/imcRtools
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/imcRtools/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/imcRtools/
软件包下载报告	下载统计信息