编号2d

基因组相互作用数据的不可复制发现率

生物导体版本：释放（3.19）

一种用于测量产生二维峰（峰间相互作用）的基因组实验之间再现性的工具，如ChIA-PET、HiChIP和HiC。idr2d是原始idr包的扩展，用于（一维）ChIP-seq峰值。

作者：康斯坦丁·克里斯默[aut，cre，cph]，大卫·吉福德[ths，cph]

维护人员：康斯坦丁·克里斯默（Konstantin Krismer）

引文（从R中输入引文（“idr2d”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“idr2d”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“idr2d”）

从重复的ChIA-PET实验中识别可复制的基因组相互作用	HTML格式	R脚本
从重复的ChIP-seq实验中确定可重复的基因组峰	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

生物视图	分类,DNA3D结构,表观遗传学,功能基因组学,基因调控,HiC公司,峰值检测,软件
版本	1.18.0
在生物导体中	生物C 3.10（R-3.6）（5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.6）
进口	数字播放器(>= 0.7.6),无用的日志(>= 1.4.3),基因组信息Db(>= 1.14.0),基因组范围(>= 1.30),ggplot2（>=3.1.1），gr设备，网格，国际存托凭证(>= 1.2),I范围(>= 2.18.0),马格里特（>=1.5），方法，网状的(>= 1.13),规模（>=1.0.0），统计，字符串（>=1.3.1），实用工具
系统要求	Python（>=3.5.0），hic-straw
统一资源定位地址	https://idr2d.mit.edu

建议	DT公司(>= 0.4),html工具(>= 0.3.6),针织物(>= 1.20),rmarkdown公司(>= 1.10),氧气2(>= 6.1.0),测试那个(>= 2.1.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	idr2d_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	idr2d_1.18.0.zip
macOS二进制（x86_64）	idr2d_1.18.0.tgz
macOS二进制（arm64）	idr2d_1.18.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/idr2d
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/idr2d
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/idr2d/
包短Url	https://bioductor.org/packages/idr2d/
软件包下载报告	下载统计信息