iPath（iPath）

用于检测个体水平扰动路径的iPath管道

生物导体版本：释放（3.19）

iPath是Bioconductor软件包，用于计算个性化路径得分并测试与生存结果的相关性。丰富的单基因生物标记物已被确定并用于临床。然而，在肿瘤发生的过程中，有数百种致癌基因或抑癌基因参与其中。我们认为，与单个基因相比，预定义路径或基因集的个体水平表达模式是更好的生物标志物。在这项研究中，我们设计了一种名为iPath的计算方法来识别预后生物标志物途径，一次一个样本。为了测试其效用，我们对《癌症基因组图谱》中的14种癌症类型进行了泛癌分析，并证明iPath能够识别临床结果的高度预测性生物标记物，包括总生存率、肿瘤亚型和肿瘤分期分类。我们发现，基于路径的生物标记物比单个基因更健壮有效。

作者：苏基农[aut，cre]，秦朝晖[aut]

维护人员：Kenong Su<Kenong.Su at emory.edu>

引文（从R中输入引文（“iPath”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“iPath”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“iPath”）

《iPath用户指南》	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基因表达式,路径,软件,生存
版本	1.10.0
在生物导体中	生物柴油3.14（R-4.1）（3年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=4.1），麦克卢斯特,生物并行,生存
进口	卢比(>= 1.0.5),矩阵统计,ggpubr公司,ggplot2,侦察机，统计信息
系统要求	C++11语言
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/suke18/iPath/issues

建议	rmarkdown公司,仿生风格,针织物
链接到	卢比,RcppArmadillo公司
增强功能
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导入我
建议我
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	iPath_1.10.0.tar.gz手机
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	iPath_1.10.0.tgz手机
macOS二进制（arm64）	iPath_1.10.0.tgz手机
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iPath
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/iPath
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/iPath/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/iPath/
软件包下载报告	下载统计信息