glmParseNet

弹性网络正则化模型的网络中心度量

生物导体版本：释放（3.19）

glmSparseNet是一个R包，当特征（例如基因）具有图形结构（例如蛋白质相互作用）时，它通过包含基于网络的正则化器来推广稀疏回归模型。glmSparseNet使用glmnet R包，将网络的中心性度量作为正则化中的惩罚权重。当前版本基于节点度实现正则化，即通过提升解决方案中的中心或解决方案中孤立基因的强度和/或关联边的数量。支持所有glmnet分布族，即“高斯”、“泊松”、“二项式”、“多项式”、“cox”和“mgaussian”。

作者：安德烈·维里西莫〔aut，cre〕、苏珊娜·文加[aut]、尤妮斯·卡拉斯奎纳[ctb]、玛塔·洛佩斯[ctb]

维护人员：安德烈·维西莫（andreéVeríssimo）在tecnico.ulisboa.pt>

引文（从R中输入引文（“glmSparseNet”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“glmSparseNet”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“glmSparseNet”）

使用来自STRING DB的网络的乳腺存活数据集	HTML格式	R脚本
乳腺浸润癌分类示例	HTML格式	R脚本
生存数据示例——乳腺浸润癌	HTML格式	R脚本
生存数据示例——前列腺腺癌	HTML格式	R脚本
存活数据示例——皮肤黑色素瘤	HTML格式	R脚本
在Cox回归中分离2组	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	分类,尺寸缩减,图形和网络,网络,回归,软件,统计方法,生存
版本	1.22.0
在生物导体中	生物C 3.8（R-3.5）（6年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.3.0）
进口	生物反应器,将死,数字播放器,对于猫,无用的日志,ggplot2,胶,高温气冷堆,生命周期，方法，并行，阅读器,爱尔兰航空公司,格尔姆奈特,矩阵,多重分析实验,总结性实验,监督员,TCGAutils公司，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://www.github.com/sysbiomed/glmParseNet网站
Bug报告	https://www.github.com/sysbiomed/glmParseNet/issues网站

建议	生物风格,管理的TCGA数据,针织物,马格里特,重新整形2,pROC公司,rmarkdown公司,生存,测试那个,维恩图,用r
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	glmParseNet_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	glmParseNet_1.22.0.zip
macOS二进制（x86_64）	glmParseNet_1.22.0.tgz
macOS二进制（arm64）	glmParseNet_1.22.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmSparseNet
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/glmParseNet
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/glmParseNet/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/glmSparseNet网站/
软件包下载报告	下载统计信息