ggcyto细胞

用ggplot可视化细胞测定数据


生物导体版本:释放(3.19)

通过为flowSet、ncdfFlowSet和GatingSet类实现专用的增强方法,可以使用ggplot直接绘制原始和门控流式细胞术数据。ggcyto包装器和一些定制层还可以方便地向图中添加门和人口统计信息。

作者:迈克·蒋(Mike Jiang)

维护人员:Mike Jiang<来自ozette.com的Mike>

引文(从R中输入引文(“ggcyto”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ggcyto”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ggcyto”)
ggcyto的特征总结 HTML格式 R脚本
细胞仪数据的快速绘图 HTML格式 R脚本
使用ggcyto可视化flowSet HTML格式 R脚本
使用ggcyto可视化GatingSet HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 基于细胞的分析,流式细胞术,免疫肿瘤学,基础设施,软件,可视化
版本 1.32.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年)
许可证 文件许可证
取决于 方法,ggplot2(>= 3.5.0),flowCore(流动堆芯)(>= 1.41.5),ncdfFlow(ncdf流量)(>= 2.17.1),流工作区(>= 4.3.1)
进口 普利尔,规模,己糖,数据表,RColorBrewer公司,额外网格,拉朗
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/RGLab/ggcyto/issues
查看更多
建议 测试那个,流程工作区数据,针织物,rmarkdown公司,流量统计,开放细胞,流Viz,ggridges公司,vdiffr公司
链接到
增强功能
取决于我 flowGate(流动闸门)
导入我 细胞ML,细胞管道
建议我 催化剂,flowCore(流动堆芯),流量统计信息,flowTime(流动时间),流工作区,开放细胞
指向我的链接
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ggcyto_1.32.0.tar.gz型
Windows二进制 ggcyto_1.32.0.zip型(仅64位)
macOS二进制(x86_64) ggcyto_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64) ggcyto_1.32.0.tgz细胞
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggcyto网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ggcyto
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ggcyto/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ggcyto网站/
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