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gINTomics公司

多麦克风数据集成


生物导体版本:释放(3.19)

gINTomics是一个用于Multi-Omics数据集成和可视化的R包。gINTomics旨在检测靶基因及其调控因子的表达之间的关联,同时考虑它们的基因组学修改,如拷贝数变异(CNV)和甲基化。此外,gINTomics允许通过基于Shiny的交互式应用程序实现集成结果可视化。

作者:安吉洛·维勒(Angelo Velle)[cre,aut],弗朗西斯科·帕塔尼,Chiara Romualdi[aut]

维护人员:Angelo Velle<Angelo.Velle在unipd.it>

引文(从R中输入引文(“Intomics”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“gINTomics”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“Intomics”)
gINTomics小品 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 副本编号变化,基因表达式,基因目标,微阵列,RNA序列,软件,可视化
版本 1.0.0
在生物导体中 生物活性碳3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 AGPL-3型
取决于 R(>=4.4.0)
进口 生物并行,生物反应器,全能运动员,边缘R,ggplot2,ggridges公司,gtools(工具),多重分析实验,普利尔,斯特林吉,字符串,总结性实验,方法,统计信息,重塑2,随机森林,利马,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,生物遗传学,基因组特征,反应omePA,clusterProfiler(群集探查器),数字播放器,注释Dbi,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.known基因,闪亮的,基因组范围,ggtree(ggtree),闪亮的仪表板,巧妙地,DT公司,MASS(质量),交互式复杂热图,复杂热图,visNetwork(可视网络),闪亮的小鹅,格文,R彩色啤酒、utils、grDevices、,呼叫者,绕圈子
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/angelovelle96/gINTomics网站
错误报告 https://github.com/angelovelle96/gINTomics/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 gINTomics_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 gINTomics_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) gINTomics_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) gINTomics_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gINTomics网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gINTomics
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/gINTomics网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/gINTomics(https://bioductor.org/packages/gINTomics)/
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