流工作区
用于表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包旨在促进自动选通方法与flowJo中手动选通方法的比较。此软件包允许您将基本flowJo工作区导入BioConductor,并使用flowCore功能从flowJo复制选通。执行选通层次结构、样本组、补偿和转换,以便输出与flowJo分析匹配。
作者:格雷格·菲纳克(Greg Finak)、迈克·蒋(Mike Jiang)
维护人员:格雷格·菲纳克(Greg Finak)<Greg at ozette.com>,迈克·蒋(Mike Jiang)<Mike at ozete.com>
引文(从R中输入引文(“flowWorkspace”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“flowWorkspace”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“流程工作区”)
细节
生物视图 |
数据导入,数据表示,流式细胞术,免疫肿瘤学,预处理,软件 |
版本 |
4.16.0 |
在生物导体中 |
BioC 2.9(R-2.14)(13年) |
许可证 |
仅AGPL-3.0 |
取决于 |
R(>=3.5.0) |
进口 |
博科生物,生物遗传学,细胞库(>= 2.13.1),XML格式,ggplot2,图表,图形,grDevices,方法,stats,stats4,utils,苏格兰皇家银行、工具、,Rgraphviz公司,数据表,数字播放器,规模(>= 1.3.0),矩阵统计,RProtoBufLib数据库,flowCore(流动堆芯)(>= 2.1.1),ncdfFlow(ncdf流量)(>= 2.25.4),DelayedArray(延迟阵列),S4载体 |
系统要求 |
GNU品牌,C++11 |
统一资源定位地址 |
|
查看更多
建议 |
测试那个,流工作空间数据(>= 2.23.2),针织物,市场营销,ggcyto细胞,平行,细胞ML,开放细胞 |
链接到 |
cpp11型,伯克希尔哈撒韦(>= 1.62.0-1),RProtoBufLib数据库(>= 1.99.4),细胞库(>= 2.3.7),Rhdf5库 |
增强功能 |
|
取决于我 |
flowGate(流动闸门),ggcyto细胞,高通量分析 |
导入我 |
细胞ML,流量统计信息,和平QC |
建议我 |
催化剂,COMPASS(指南针),flowClust(流动俱乐部),flowCore(流动堆芯),FlowSOM公司 |
指向我的链接 |
细胞ML |
生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。