流工作区

用于表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包旨在促进自动选通方法与flowJo中手动选通方法的比较。此软件包允许您将基本flowJo工作区导入BioConductor,并使用flowCore功能从flowJo复制选通。执行选通层次结构、样本组、补偿和转换,以便输出与flowJo分析匹配。

作者:格雷格·菲纳克(Greg Finak)、迈克·蒋(Mike Jiang)

维护人员:格雷格·菲纳克(Greg Finak)<Greg at ozette.com>,迈克·蒋(Mike Jiang)<Mike at ozete.com>

引文(从R中输入引文(“flowWorkspace”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“flowWorkspace”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“流程工作区”)
flowWorkspace简介:用于存储和操纵选通流数据的包 HTML格式 R脚本
如何合并选通集 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
安装 文本
许可证 文本

细节

生物视图 数据导入,数据表示,流式细胞术,免疫肿瘤学,预处理,软件
版本 4.16.0
在生物导体中 BioC 2.9(R-2.14)(13年)
许可证 仅AGPL-3.0
取决于 R(>=3.5.0)
进口 博科生物,生物遗传学,细胞库(>= 2.13.1),XML格式,ggplot2,图表,图形,grDevices,方法,stats,stats4,utils,苏格兰皇家银行、工具、,Rgraphviz公司,数据表,数字播放器,规模(>= 1.3.0),矩阵统计,RProtoBufLib数据库,flowCore(流动堆芯)(>= 2.1.1),ncdfFlow(ncdf流量)(>= 2.25.4),DelayedArray(延迟阵列),S4载体
系统要求 GNU品牌,C++11
统一资源定位地址
查看更多
建议 测试那个,流工作空间数据(>= 2.23.2),针织物,市场营销,ggcyto细胞,平行,细胞ML,开放细胞
链接到 cpp11型,伯克希尔哈撒韦(>= 1.62.0-1),RProtoBufLib数据库(>= 1.99.4),细胞库(>= 2.3.7),Rhdf5库
增强功能
取决于我 flowGate(流动闸门),ggcyto细胞,高通量分析
导入我 细胞ML,流量统计信息,和平QC
建议我 催化剂,COMPASS(指南针),flowClust(流动俱乐部),flowCore(流动堆芯),FlowSOM公司
指向我的链接 细胞ML
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 流程工作区_4.16.0.tar.gz
Windows二进制 flowWorkspace_4.16.0.zip
macOS二进制(x86_64) flowWorkspace_4.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) flowWorkspace_4.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowWorkspace
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/流工作区
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/flowWorkspace/
包短Url https://bioconductor.org/packages/flowWorkspace/
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