flowCore(流动堆芯)

flowCore:流式细胞术数据的基本结构


生物导体版本:释放(3.19)

提供S4数据结构和处理流式细胞仪数据的基本功能。

作者:B Ellis[aut]、Perry Haaland[aut'、Florian Hahne[aut]、Nolwenn Le Meur[aut】、Nishant Gopalakrishnan[aut)、Josef Spidlen[au]、Mike Jiang[aut,cre]、Greg Finak[aut]、Samuel Granjeaud[ctb]

维护人员:Mike Jiang(迈克在ozette网站)

引文(从R中输入引文(“flowCore”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“flowCore”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignets(“流量核心”)
流式细胞术数据的基本功能 PDF格式 R脚本
fcs3.html网站 HTML格式
hyperlog.notice.html HTML格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基于单元格的消息,流式细胞术,免疫肿瘤学,基础设施,软件
版本 2.16.0
在生物导体中 BioC 2.0(R-2.5)(17.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0)
进口 博科生物,生物遗传学(>=0.29.2),grDevices、graphics、methods、stats、utils、stats4,卢比,矩阵统计,细胞库(>= 2.13.1),S4载体
系统要求 GNU品牌,C++11
统一资源定位地址
查看更多
建议 Rgraphviz公司,流Viz,流量统计信息(>= 3.43.4),测试那个,流工作区,流工作空间数据,开放细胞,针织物,ggcyto细胞,额外网格
链接到 cpp11型,伯克希尔哈撒韦(>= 1.81.0.0),细胞库,RProtoBufLib数据库
增强功能
取决于我 流珠,流动箱,flowClean(流动清洗),flowCut(流动切割),流量FP,flowMatch(流匹配),flowTime(流动时间),流量变送器,流Viz,流量VS,ggcyto细胞,免疫俱乐部,无限流量,ncdfFlow(ncdf流量),HD细胞数据,健康流量数据,高通量分析
导入我 催化剂,cmapR公司,氰化物过滤器,锡达尔,细胞fQC,细胞MDS,细胞MEM,细胞ML,细胞管道,细胞管道GUI,ddPCR集群,差异(diffcyt),流动AI,流珠,流CHIC,flowClust(流动俱乐部),流量密度,flowGate(流动闸门),flowMeans(流动平均值),流动倍体,FlowSOM公司,flowSpecs(流量规格),流量统计信息,流量变送器,流Viz,流工作区,网关查找器,MAPFX公司,MetaCyto公司,和平QC,scDataviz公司,剪刀,斯科尼菲
建议我 罗盘,流量峰值,flowPloidy数据,超高速门,分段层
指向我的链接
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 流量核心_2.16.0.tar.gz
Windows二进制 flow内核_2.16.0.zip
macOS二进制(x86_64) 流核心_2.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) 流核心_2.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowCore
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/flowCore
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/flowCore/
包短Url https://bioconductor.org/packages/flowCore/
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