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fgsea公司

快速基因集富集分析


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包实现了快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多排列并获得更精细的p值,从而可以使用准确的标准方法进行多假设校正。

作者:Gennady Korotkevich[aut]、Vladimir Sukhov[aut'、Nikolay Budin[ctb]、Alexey Sergushichev[aut,cre]

维护人员:Alexey Sergushichev<gmail.com上的alsergbox>

引文(从R中输入引文(“fgsea”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“fgsea”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“fgsea”)
基因集协同调控分析教程 HTML格式 R脚本
使用fgsea包 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,路径,软件
版本 1.30.0
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.1)
进口 卢比,数据表,生物并行,统计,ggplot2(>= 2.2.0),奶牛场,网格,快速比赛,矩阵,规模,实用程序
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址 https://github.com/ctlab/fgsea网站/
错误报告 https://github.com/ctlab/fgsea/issues
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链接到 卢比,伯克希尔哈撒韦
增强功能
取决于我 PPInfer公司,大豆,变形金刚
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 fgsea_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 fgsea_1.30.0.zip文件(仅64位)
macOS二进制(x86_64) fgsea_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64) fgsea_1.30.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/fgsea
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/fgsea网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/fgsea网站/
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