快车道

VCF和Fasta文件的系统发育、距离等计算

生物导体版本：释放（3.19）

计算距离、构建系统发育树或在VCF或FASTA文件的样本之间执行层次聚类。函数用Java实现，并通过rJava调用。直接在VCF或FASTA文件上操作以快速执行的并行实现。

作者：Anestis Gkanogiannis【aut，cre】

维护人员：Anestis Gkanogiannis<Anestis at gkanogiananis.com>

引文（从R中输入引文（“fastreeR”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“fastreeR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“fastreeR”）

生物视图	群集，基因组，系统发育学，软件
版本	1.8.0
在生物导体中	生物柴油3.15（R-4.2）（2年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.4）
进口	ape、data.table、dynamicTreeCut、methods、R.utils、rJava、stats、stringr、utils
系统要求	Java（>=8）
统一资源定位地址	https://github.com/gkanogiannis/fastreeR https://github.com/gkanogiannis/BioInfoJava-Utils网站
错误报告	https://github.com/gkanogiannis/fastreeR/issues

建议	生物文件缓存，仿生风格、图形、knitr、memuse、rmarkdown、拼写、testtat（>=3.0.0）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	快车道R_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	fastreeR_1.8.0.zip
macOS二进制（x86_64）	快节奏R_1.8.0.tgz
macOS二进制（arm64）	快车道R_1.8.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastreeR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/fastreeR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fastreeR/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/fastreeR/
软件包下载报告	下载统计信息