事实R
自定义转录组的功能注释
生物导体版本:释放(3.19)
factR包含处理自定义组装转录组(GTF)并与之交互的工具。其核心是,factR在自定义转录本上构建CDS信息,然后预测其功能输出。此外,factR具有绘制转录本、更正染色体和基因信息以及筛选新转录本的工具。
作者:福沙姆·哈米德
维护人员:Fursham Hamid<Fursham.h at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“factR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“factR”)
细节
生物视图 |
交替拼接,功能预测,基因预测,软件 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.2) |
进口 |
生物遗传学(>= 0.46),生物串(>= 2.68),基因组信息数据库(>= 1.36),数字播放器(>= 1.1),基因组特征(>= 1.52),基因组学范围(>= 1.52),I范围(>= 2.34),呜呜声(>= 1.0),rtracklayer公司(>= 1.60),三年(>=1.3),方法(>=4.3),生物并行(>= 1.34),S4载体(>= 0.38),数据表(>= 1.14),爱尔兰航空公司(>= 1.1),易怒的(>= 3.2),摇摆图(>= 1.24),RCurl(RCurl)(>= 1.98),XML格式(>= 3.99),提取蛋白质类(>= 1.20),ggplot2(>= 3.4),字符串(>= 1.5),pbapply(应用程序)(>=1.7),统计(>=4.3),实用程序(>=43),图形(>=4.4),蜡笔(>= 1.5) |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://fursham-h.github.io/factR/ |
查看更多
建议 |
批注中心(>= 2.22),牛基因组(>= 1.58),英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,测试那个,针织者,rmarkdown公司,降价,狂热分子,rmd格式,生物3d(>= 2.4),信号Hsmm(>= 1.5),潮韵诗(>= 1.3),覆盖(covr),拼凑 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
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