额外ChIP
使用ChIP-Seq数据的附加功能
生物导体版本：释放（3.19）
此包构建在现有工具的基础上，并添加了一些简单但非常有用的功能，用于处理ChIP-Seq数据。重点是检测差异绑定窗口/区域。一组函数专注于保留GRanges对象的MCOL的设置操作，而另一组函数则帮助可视化结果。还实现了对隐藏对象的强制。
作者：史蒂夫·佩德森（Stevie Pederson）[aut，cre]
维护人员：史蒂夫·佩德森（Stevie Pederson）<stephen.Pederson.au at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“extraChIP”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“extraChIP”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“附加ChIP”）
细节
| 生物视图 |
ChIPSeq公司,新闻报道,HiC公司,排序,软件 |
| 版本 |
1.8.5 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
生物并行，R（>=4.2.0），基因组范围,ggplot2(>= 3.5.0),ggside公司(>= 0.3.1),总结性实验,易怒的 |
| 进口 |
生物信息组织,扫帚,复杂翻转,计算机辅助焊接,数字播放器(>= 1.1.1),边缘R(>= 4.0),对于猫,基因组信息Db,基因组相互作用,gg力,gg排斥,胶，gr设备，网格，交互集,I范围,矩阵统计、方法、，拼凑,R彩色啤酒,爱尔兰航空公司,Rsamtools软件,rtracklayer公司,S4载体,规模，统计，字符串,第三年,潮汐选择，实用程序，压控变压器,维恩图 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/smped/extraChIP |
| Bug报告 |
https://github.com/smped/extraChIPs/问题 |
查看更多
| 建议 |
apeglm公司,生物风格,冠状病毒,DESeq2公司,强化热图,Gviz公司,谐波平均值,在这里,针织物,利马,马格里特,plyranges系列,量子,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0),潮韵诗 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
motif测试R,变速箱R |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
