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提取蛋白质类

从Uniprot API输出中绘制蛋白质示意图的软件包


生物导体版本:释放(3.19)

此软件包从Uniprot API输出中绘制蛋白质示意图。从GET命令返回的JSON,它从Uniprot Features API创建一个数据帧。然后,基于ggplot2和碱基R的geoms可以使用该数据框架绘制蛋白质示意图。

作者:保罗·布伦南[aut,cre]

维护人员:保罗·布伦南(Paul Brennan)<brennanpincardiff at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“drawProteins”))以下为:

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“drawProteins”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“drawProteints”)
使用drawProteins HTML格式 R脚本
在drawProteins中使用extract_transcripts HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 功能预测,蛋白质组学,软件,可视化
版本 1.24.0
在生物导体中 生物技术3.7(R-3.5)(6年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.0)
进口 ggplot2,高温气冷堆,数字播放器,阅读器,第三年
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/brennanpincardiff/drawProteins网站
错误报告 https://github.com/brennanpincardiff/drawProteins/issues/new
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 提取蛋白质_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 draw蛋白质_1.24.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 提取蛋白质_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) 提取蛋白质_1.24.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/drawProteins网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/提取蛋白质
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/drawProteins网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/drawProteins网站/
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