恐龙

差分NOMe-seq分析

生物导体版本：释放（3.19）

dinoR测试两种条件下NOMe-seq足迹的显著差异，使用以里程碑为中心的基因组感兴趣区域（ROI），例如转录因子（TF）基序。该软件包以范围汇总实验的形式将NOMe-seq数据（GCH甲基化/保护）作为输入。dinoR可用于将测序片段分为3或5类，代表特征足迹（TF结合、囊泡体结合、开放染色质），绘制热图中每个类别中片段的百分比，或跨不同ROI组平均，例如，包含一个共同的TF基序。它设计用于比较两个样本组之间的足迹，使用edgeR的准似然方法对每个ROI、样本和足迹类别的总碎片计数进行比较。

作者：迈克尔·施瓦格[aut，cre]

维护人员：迈克尔·施瓦格（Michaela Schwaiger）<Michaela Schwaiger at fmi.ch>

引文（从R中输入引文（“dinoR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“dinoR”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“dinoR”）

恐龙-渐晕	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	新闻报道,差异甲基化,表观遗传学,甲基Seq,核小体定位,排序,软件,转录
版本	1.0.0
在生物导体中	生物C 3.19（R-4.4）（<6个月）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.3.0），总结性实验
进口	生物遗传学,绕圈子,复杂热图,奶牛场,数字播放器,边缘R,基因组范围,ggplot2,矩阵、方法、，爱尔兰航空公司，统计，字符串,易怒的,第三年,潮汐选择
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/xxxmichixxx/dinoR网址
错误报告	https://github.com/xxxmichixxx/dinoR/issues网站

建议	针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	恐龙R_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	dinoR_1.0.0.zip（仅限64位）
macOS二进制（x86_64）	dinoR_1.0.0.tgz
macOS二进制（arm64）	恐龙_1.0.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dinoR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/dinoR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dinoR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/dinoR/
软件包下载报告	下载统计信息