致密物

基于非线性降维的保密度数据可视化

生物导体版本：释放（3.19）

实施Narayan等人（2020年）描述的t-SNE和UMAP的密度保持修改非线性降维技术t-SNE和UMAP使用户能够使用低维表示总结复杂的高维测序数据，例如单细胞RNAseq。这些低维表示使离散转录状态和连续轨迹可视化（例如，在早期开发中）。然而，这些方法侧重于数据的局部邻域结构。在某些情况下，这会导致错误的可视化，其中低维嵌入中的细胞密度并不代表原始高维空间中数据的转录异质性。den-SNE和densMAP旨在通过生成准确表示原始高维空间异质性的低维嵌入，实现对高维数据集的更准确的视觉解释，从而能够识别均质和异质细胞状态。这种精度是通过在优化过程中包括一个考虑原始高维空间中点的局部密度的项来实现的。这有助于创建更能代表原始高维空间异质性的可视化。

作者：Alan O'Callaghan[aut，cre]，Ashwinn Narayan[aut]，Hyunghoon Cho[aut'

维护人员：阿兰·奥卡拉汉（Alan O'Callaghan）<Alan.ocallaghan at outlook.com>

引文（从R中输入引文（“densvis”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“densvis”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“densvis”）

densvis简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	尺寸缩减,排序,单个单元格,软件,可视化
版本	1.14.0
在生物导体中	生物C 3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于
进口	卢比,蛇怪,断言,网状的,Rtsne公司,厄尔巴
系统要求
统一资源定位地址	https://bioconductor.org/packages/densvis网站
错误报告	https://github.com/Alanocallaghan/densvis/issues

建议	针织物,rmarkdown公司,仿生风格,ggplot2,超高速,测试那个
链接到	卢比
增强功能
取决于我	OSCA高级
导入我
建议我	散射
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	密度_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	密度_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	密度_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	密度_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/densvis网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/密度
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/densvis网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/densvis网站/
软件包下载报告	下载统计信息