解耦器R

decobleR：从组学数据推断生物活性的计算方法集成

生物导体版本：释放（3.19）

许多方法允许我们使用来自先前知识资源的信息从组学数据中提取生物活性，降低维数以提高统计能力和更好的解释性。这里，我们提出了decobleR，这是一个包含不同统计方法的Bioconductor包，用于在统一框架内提取这些签名。decopleR允许用户灵活地使用任何资源测试任何方法。它结合了考虑网络交互符号和权重的方法。解耦器可以用于任何原子，只要它的特征可以基于先验知识与生物过程联系起来。例如，在转录组学中，由转录因子调节的基因集，或在磷酸-蛋白质组学中由激酶靶向的磷酸化位点。

作者：Pau Badia-i-Mompel[aut，cre]，Jesús Vélez-Stiago[aut]，Jana Braunger[aut]，塞丽娜·盖斯[aut]，丹尼尔·迪米特洛夫[aut]，索菲亚·米勒-多特[aut]，彼得·陶斯[aut]，奥雷连·杜古德[aut]，克里斯蒂安·霍兰德[aut]，里卡多·O·拉米雷斯·弗洛雷斯[aut]，朱利奥·萨伊兹·罗德里格斯[aut]

维护人员：Pau Badia-i-Mompel<Pau.adia at uni heidelberg.de>巴迪亚大学

引文（从R中输入引用（“decobleR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“decobleR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“解耦器”）

介绍	HTML格式	R脚本
从scRNA-seq推断通路活性	HTML格式	R脚本
散装RNA-seq中的通路活性推断	HTML格式	R脚本
从scRNA-seq推断转录因子活性	HTML格式	R脚本
体RNA-seq中转录因子活性的推断	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	差异表达式,功能基因组学,基因表达式,基因调控,网络,软件,统计方法,转录
版本	2.10.0
在生物导体中	生物柴油3.13（R-4.1）（3.5年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=4.0）
进口	生物并行,扫帚,数字播放器,马格里特,矩阵,平行地,呜呜声,爱尔兰航空公司，统计，字符串,易怒的,第三年,潮汐选择,用r
系统要求
统一资源定位地址	https://saezlab.github.io/decodebleR/
Bug报告	https://github.com/saezlab/decopleR/issues

建议	格尔姆奈特(>= 4.1-7),GSVA公司,毒蛇,fgsea公司(>= 1.15.4),AUCell公司,总结性实验,r零件,护林员,仿生风格,冠状病毒,针织物,pkg向下,参考管理器,rmarkdown公司,氧气2,sessioninfo（会话信息）,情势图,测试那个,全能运动员,修拉,ggplot2,gg排斥,拼凑,魔法
链接到
增强功能
取决于我
导入我	宇宙R,更容易的,后代
建议我	SC发布
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	解耦R_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	解耦R_2.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	解耦R_2.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decobleR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/解耦器R
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/decodeleR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/decobleR/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档