ddPCR集群

ddPCR数据的聚类算法


生物导体版本:释放(3.19)

ddPCR-clust算法可以自动量化最多四个目标的非正交ddPCR反应的CPD。为了确定每个目标的正确液滴数,识别所有簇并根据其位置正确标记簇至关重要。有关可以分析哪些数据以及如何格式化模板的更多信息,请查看小插曲。

作者:Benedikt G.Brink[aut,cre],Justin Meskas[ctb],Ryan R.Brinkman[ctb]

维护人员:Benedikt G.Brink在cebitec.uni-bielefeld.de>

引文(从R中输入引文(“ddPCRclust”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ddPCRclust”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“ddPCRclust”)
LaTeX型生物导体 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 群集,软件,ddPCR
版本 1.24.0
在生物导体中 生物技术3.7(R-3.5)(6.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5)
进口 倍体,线索,平行,ggplot2,开放式xlsx,R.utils公司,flowCore(流动堆芯),流量密度(>= 1.13.3),SamSPECTRAL公司,流量峰值
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/bgbrink/ddPCR集群
Bug报告 https://github.com/bgbrink/ddPCRclust/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ddPCR集群_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 ddPCR集群_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) ddPCR集群_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) ddPCR集群_1.24.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddPCRclust网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ddPCRclust
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ddPCR集群/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ddPCR集群/
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