dce公司
基于差异因果效应的路径丰富
生物导体版本:释放(3.19)
计算(生物)网络上的差异因果效应(dce)。给定两个基因a和B的对照实验和非对照(例如癌症)的观察样本,我们可以用(广义)线性回归计算差异因果效应。如果对照样品中基因A对基因B的因果效应不同于非对照样品中的因果效应,则dce将不同于零。我们通过包含来自路径数据库(如KEGG)的先前网络信息来规范dce计算。
作者:金·菲利普·贾布隆斯基,Martin Pirkl[奥特]
维护人员:金·菲利普·贾布隆斯基(Kim Philipp Jablonski)<Kim.Philipp.Jablonski at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“dce”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“dce”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达,图形和网络,凯格,网络,网络丰富,回归,软件,统计方法 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物化学3.13(R-4.1)(3年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
统计、方法、,断言,图表,pcalg公司,呜呜声,潮韵诗,矩阵,gggraph图,潮汐记录仪,ggplot2,爱尔兰航空公司,矩阵指数函数,MASS(质量),边缘R,epiNEM公司,记录仪,变形金刚,百万奈姆,自然排序,ppcor公司,全球2,石墨,重塑2,数字播放器,马格里特,胶,Rgraphviz公司,和声手段,组织Hs.eg.db,记录器,阴影文本 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/cbg-ethz/dce |
错误报告 |
https://github.com/cbg-ethz/dce/issues |
查看更多
建议 |
针织者,rmarkdown公司,测试那个(>= 2.1.0),仿生风格,格式R,奶牛场,ggplotify(图形化),达吉蒂,lmtest测试,三明治,开发工具,策划CGAD数据,TCGAutils公司,总结性实验,Rcpp并行,docopt文件,狂欢节 |
链接到 |
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