细胞核

基于核的分数测试的差异表达


生物导体版本:释放(3.19)

cytoKernel实现了基于核的分数测试,以识别高维生物实验中差异表达的特征。这种方法可以应用于许多不同的高维生物数据,包括基因表达数据和基于降维细胞术的标记表达数据。在这个R包中,我们实现了计算特征线p值及其相应的调整p值的函数。此外,它还计算按特征缩小的效果大小及其相应的缩小效果大小。此外,它计算差异表达特征的百分比,并绘制行上顶部差异表达特征和列上样本的用户友好热图。

作者:Tusharkanti Ghosh[aut,cre],Victor Lui[aut],Pratyaydipta Rudra[aut',Souvik Seal[aut].Thao Vu[aut],Elena Hsieh[au],Debashis Ghosh[aut,cph]

维护人员:Tusharkanti Ghosh<tusharkantighosh30 at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“cytoKernel”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“cytoKernel”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“细胞核”)
CytoK用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 群集,差异表达式,流式细胞术,基因表达式,免疫肿瘤学,一个频道,蛋白质组学,单个单元格,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 生物柴油3.14(R-4.1)(3年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.1)
进口 卢比,总结性实验,实用程序,方法,复杂热图,绕圈子,灰烬,数据表,生物并行,数字播放器,统计,马格里特,爱尔兰航空公司,S4载体
系统要求
统一资源定位地址
Bug报告 https://github.com/Ghoshlab/cytoKernel/issues网站
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建议 针织物,rmarkdown公司,生物风格,测试那个
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 细胞内核_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 细胞内核_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64) 细胞核_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64) 细胞核_1.10.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytoKernel网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cytoKernel
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cytoKernel网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/cytoKernel网站/
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