氰化物过滤器

利用细胞色素和/或复杂性鉴定浮游植物种群


生物导体版本:释放(3.19)

一种通过流式细胞仪色素和细胞复杂性信息从所有颗粒物中筛选和/或识别浮游植物细胞的方法。它使用预定义通道上的一系列一维门来测量特定的着色和复杂性。该软件包特别针对蓝藻进行了调整,但对浮游植物群落来说效果很好,因为浮游植物群落中至少有一种细胞特征可以区分群落中的每一种浮游植物。

作者:Oluwafemi Olusoji[cre,aut],Aerts Marc[ctb],Delaender Frederik[ctb',Neyens Thomas[ctb],Spaak jurg[aut]

维护人员:Oluwafemi Olusoji在uhasselt.be>

引文(从R中输入引文(“cyanoFilter”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“cyanoFilter”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“cyanoFilter”)
cyanoFilter:流式细胞术中鉴定浮游植物和蓝藻种群的半自动框架 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 群集,流式细胞术,一个频道,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.1.0)
进口 博科生物,flowCore(流动堆芯),流量密度,流量Clust,细胞测定仪,ggplot2,GGally公司、图形、gr设备、方法、,mrf深度,统计,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/fomatis/cyanoFilter
Bug报告 https://github.com/fomotis/cyanoFilter/issues
查看更多
建议 马格里特,数字播放器,呜呜声,针织物,字符串,rmarkdown公司,第三年
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 氰化物过滤器_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 氰化物过滤器_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 氰化物过滤器_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 氰化物过滤器_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cyanoFilter网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:程序包/cyanoFilter
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cyanoFilter网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/cyanoFilter网站/
软件包下载报告 下载统计信息