compSPOT公司
compSPOT:用于识别和比较显著突变的基因组热点的工具
生物导体版本:释放(3.19)
克隆细胞群在癌症、癌前病变甚至临床正常组织中有共同的突变。这些突变的频率和位置可以预测预后和癌症风险。已经很好地证明,某些基因组区域增加了获得突变的敏感性。因此,突变敏感基因组区域可以作为预测癌症风险的标记。该软件包包含多个功能,用于建立显著突变热点,比较样本之间的热点突变负担,并对热点突变负担与个人癌症风险因素(如年龄、性别和致癌物接触史)之间的相关性进行探索性数据分析。该软件包允许用户识别强大的基因组标记,以帮助确定癌症风险。
作者:悉尼格兰特,艾拉·桑普森[aut],瑞亚·罗德里格斯[aut],Gyorgy Paragh[aut]
维护人员:Sydney Grant<悉尼。roswellpark.org上的Grant>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“compSPOT”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“compSPOT”)
细节
生物视图 |
分类,DNASeq公司,多重比较,排序,单个单元格,软件,生存,技术,全基因组 |
版本 |
1.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.18(R-4.3)(1年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
统计,基础,ggplot2,巧妙地,马格里特,ggpubr公司,额外网格,实用程序,数据表 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/sydney-grant/compSPOT |
错误报告 |
https://github.com/sydney-grant/compSPOT/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。