可乐
共识划分框架
生物导体版本：释放（3.19）
亚群分类是基因组数据分析的一项基本任务，尤其是基因表达和DNA甲基化数据分析。它还可以用于测试与已知临床注释的一致性，或测试是否存在显著的批量效应。cola包通过一致划分为子组分类提供了一个通用框架。它具有以下特点：1。它将共识划分过程模块化，从而可以轻松集成各种方法。2.它为解释结果提供了丰富的可视化。3.它允许同时运行多个方法，并提供直接比较结果的功能。4.它提供了一种新的特征提取方法，可以更有效地分离子组。5.自动生成详细报告以完成分析。6.它允许以分层方式应用一致性分区。
作者：祖光顾[aut，cre]
维护人员：祖光顾<z.Gu at dkfz.de>
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“可乐”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
分类,群集,基因表达式,软件 |
| 版本 |
2.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.9（R-3.6）（5.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0.0） |
| 进口 |
grDevices、graphics、grid、stats、utils、，复杂热图(>= 2.5.4),矩阵统计,GetoptLong（获取长）,绕圈子(>= 0.4.7),全局选项(>= 0.1.0),线索，平行，R彩色啤酒,集群,skmeans公司,png公司,麦克卢斯特,蜡笔、方法、，xml语言2,微基准,高温气冷堆,针织物(>= 1.4.0),降价(>= 1.6),消化,插补,酿造,卢比(>= 0.11.0),生物遗传学,欧拉,foreach公司,do并行,doRNG公司,厄尔巴 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/jokergoo/cola https://jokergoo.github.io/cola_collection网站/ |
查看更多
| 建议 |
基因过滤器,mvtnorm公司,测试那个(>= 0.3),萨姆,帕姆,自组织特征映射,国家气象局,WGCNA公司,Rtsne公司,乌玛,clusterProfiler（群集探查器）,反应omePA,剂量,注释Dbi,gplots（gplots）,胡6800.db,生物技术经理,数据树,右旋糖,多色,rmarkdown公司,简单丰富,奶牛场,弗莱克斯集群,随机森林,e1071号 |
| 链接到 |
卢比 |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
交互式复杂热图,简单丰富 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
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