集群（clustifyr）

基于细胞簇的单细胞RNA-seq分类器

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包旨在使用外部参考数据（例如，批量RNA-seq、scRNA-seq.微阵列、基因列表），帮助从单细胞RNA测序数据中对细胞进行分类。提供了多种基于相关性的方法和基因列表富集方法来帮助细胞类型分配。

作者：Rui Fu[aut]、Kent Riemondy[cre，aut]，Austin Gillen[ctb]、Chengzhe Tian[ctb]、Jay Hesselberth[ctb].岳浩[ctb].Michelle Daya[ctb]、Sidhant Puntambekar[ctb〕、RNA生物科学计划[fnd，cph]

维护人员：肯特·里蒙迪（Kent Riemondy）<Kent.Riemondy at cuanschutz.edu>

引文（从R中输入引文（“clustifyr”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“clusterfir”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“clustifyr”）

地理标志	HTML格式	R脚本
clustifyr简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	注释,基因表达式,微阵列,排序,单个单元格,软件
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=2.10）
进口	奶牛场,数字播放器,熵,fgsea公司,ggplot2,矩阵,爱尔兰航空公司,规模,字符串,易怒的,第三年，统计信息，方法，单细胞实验,总结性实验,修饰符对象,矩阵统计,S4载体,代理,高温气冷堆，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/rnabioco/clustifyr https://rnabioco.github.io/clustifyr/
错误报告	https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues网站

建议	复杂热图,覆盖（covr）,针织物,rmarkdown公司,测试那个,gg排斥,仿生风格,生物技术经理,遥控器,闪亮的,g配置文件2,呜呜声,数据表,R.utils公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	clustifyrdatahub集群
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	集群_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	clustifyr_1.16.0.zip包（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	集群_1.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）	集群_1.16.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustifyr网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/clustifyr
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/clustifyr网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/clustifyr网站/
软件包下载报告	下载统计信息