色度

ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包实现了ChIP-seq数据的组合和差异分析功能。它包括单变量和多变量峰值调用、导出到基因组浏览器可视文件以及浓缩分析功能。

作者：Aaron Taudt、Maria Colome Tatche、Matthias Heinig、Minh Anh Nguyen

维护人员：Aaron Taudt<Aaron.Taudt at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“chromstaR”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“chromstaR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“chromstaR”）

生物视图	ATAC当量,ChIPSeq公司,差异峰值呼叫,HiddenMarkov模型,组蛋白修饰,免疫肿瘤学,多重比较,峰值检测,排序,软件
版本	1.30.0
在生物导体中	生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0），基因组范围,ggplot2,chromstaR数据
进口	方法、utils、grDevices、图形、统计、，foreach公司,do并行,生物遗传学(>= 0.31.6),S4载体,基因组信息数据库,I范围,重塑2,Rsamtools软件,基因组比对,竹信号,mvtnorm公司
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/ataudt/chromstaR
错误报告	https://github.com/ataudt/chromstaR/issues

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	色度R_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.30.0.zip格式（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	chromstaR_1.30.0.tgz
macOS二进制（arm64）	chromstaR_1.30.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/chromstaR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/chromstaR网站/
包短Url	https://bioductor.org/packages/chrostaR/
软件包下载报告	下载统计信息