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芯片富集

ChIP-seq峰值数据的基因集富集


生物导体版本:释放(3.19)

ChIP-Enrich和Poly-Enrich使用ChIP-seq实验中的峰值进行基因集富集测试。该方法根据经验校正了混杂因素,如基因的长度和基因周围序列的可映射性。

作者:Ryan P.Welch[aut,cph],Chee Lee[aut],Raymond G.Cavalcante[aut],Kai Wang[cre],Chris Lee[aut],Laura J.Scott[th],Maureen A.Sartor[th]

维护人员:Kai Wang<wangdaha at umich.edu>

引文(从R中输入引文(“chiperich”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“chipeenrich”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“芯片丰富”)
奇普瑞克小插曲 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 ChIPSeq公司,表观遗传学,功能基因组学,GeneSet扩展,组蛋白修饰,免疫肿瘤学,回归,软件
版本 2.28.0
在生物导体中 生物技术2.13(R-3.0)(10.5年)
许可证 GPL-3型
取决于 R(>=3.4.0)
进口 注释Dbi,生物遗传学,chiperich.data(芯片丰富数据),基因组信息Db,基因组范围,gr设备,网格,I范围,晶格,额外晶格,MASS(质量)、方法、,mgcv公司,组织Dm.eg.db,组织博士eg.db,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,组织Rn.eg.db,平行,普利尔,rms(有效值),rtracklayer公司,S4载体(>=0.23.10),统计,字符串,实用程序
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 chipencrich_2.28.0.tar.gz公司
Windows二进制 芯片制造商_2.28.0.zip
macOS二进制(x86_64) chipencrich_2.28.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) chipencrich_2.28.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chiperich
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/芯片丰富
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/chipenhich/
包短Url https://bioconductor.org/packages/chipeenrich网站/
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