塞尔达
细胞潜在Dirichlet分配
生物导体版本:释放(3.19)
Celda是一套用于聚类单细胞RNA-sequencing(scRNA-seq)数据的贝叶斯层次模型。它能够执行“双聚类”,同时将基因聚类到基因模块中,将细胞聚类到细胞亚群中。它还包含DecotX,这是一种新的贝叶斯方法,可以在没有空液滴信息的情况下计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种scRNA-seq数据可视化功能。
作者:Joshua Campbell[aut,cre]、Shiyi Yang[aut]、Zhe Wang[aut]、Sean Corbett[aut]、Yusuke Koga[aut]
维护人员:乔舒亚·坎贝尔(Joshua Campbell)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“celda”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“celda”)
细节
生物视图 |
贝叶斯,群集,数据导入,基因表达式,免疫肿瘤学,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.20.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0),单细胞实验,矩阵 |
进口 |
普利尔,foreach公司,ggplot2,R彩色啤酒,网格,规模,gtable表,gr设备,图形,矩阵统计,do并行,消化、方法、,重塑2,S4载体,数据表,卢比,RcppEigen基因,超高速,丰富R,总结性实验,MCMC精度,gg排斥,Rtsne公司,带r,散射(>= 1.14.4),尖叫声,聚类算法,DelayedArray(延迟阵列),字符串,复杂热图,额外网格,绕圈子 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/campbio/celda/issues |
查看更多
建议 |
测试那个,针织物,氧气2,rmarkdown公司,生物反应器,覆盖(covr),生物技术经理,生物风格,TENxPBMC数据,单细胞TK,M3D示例数据 |
链接到 |
卢比,RcppEigen基因 |
增强功能 |
|
取决于我 |
|
导入我 |
解译X,单细胞TK |
建议我 |
|
指向我的链接 |
|
生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。