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cTRAP公司

从差异基因表达数据中识别候选因果扰动


生物导体版本:释放(3.19)

将差异基因表达结果与连接图中已知细胞扰动(如基因敲除、过度表达或小分子)的结果进行比较。这样的分析不仅可以推断观察到的基因表达差异的分子原因,还可以识别可能驱动或逆转特定转录组改变的小分子。

作者:Bernardo P.de Almeida[aut]、Nuno Saraiva-Agostinho[aut,cre]、Nuno-L.Barbosa-Morais[aut、led]

维护人员:努诺·萨拉瓦·阿戈斯蒂尼奥(Nuno Saraiva-Agostinho)

引文(从R中输入引文(“cTRAP”))以下为:

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“cTRAP”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“cTRAP”)
cTRAP:从差异基因表达数据中识别候选因果扰动 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,免疫肿瘤学,路径,RNA序列,软件,转录组学
版本 1.22.0
在生物导体中 生物技术3.8(R-3.5)(5.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.0)
进口 注释Dbi,批注中心,垃圾桶,奶牛场,数据表,数字播放器,DT公司,快速比赛,fgsea公司,ggplot2,gg排斥、图形、,高特许权,html工具,高温气冷堆,利马,方法,并行,pbapply(应用程序),呜呜声,qs(质量),R.utils公司,读取xl,重塑2,rhdf5型,爱尔兰航空公司,规模,闪亮的(>= 1.7.0),小贩,统计,易怒的,工具,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://nuno-agostinho.github.io/cTRAP https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP
错误报告 https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 cTRAP_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 cTRAP_1.22.0.zip文件(仅64位)
macOS二进制(x86_64) cTRAP_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64) cTRAP_1.22.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cTRAP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/cTRAP
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cTRAP/
包短Url https://bioconductor.org/packages/cTRAP/
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