cTRAP公司
从差异基因表达数据中识别候选因果扰动
生物导体版本:释放(3.19)
将差异基因表达结果与连接图中已知细胞扰动(如基因敲除、过度表达或小分子)的结果进行比较。这样的分析不仅可以推断观察到的基因表达差异的分子原因,还可以识别可能驱动或逆转特定转录组改变的小分子。
作者:Bernardo P.de Almeida[aut]、Nuno Saraiva-Agostinho[aut,cre]、Nuno-L.Barbosa-Morais[aut、led]
维护人员:努诺·萨拉瓦·阿戈斯蒂尼奥(Nuno Saraiva-Agostinho)
安装
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如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“cTRAP”)
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文档
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浏览渐晕图(“cTRAP”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,免疫肿瘤学,路径,RNA序列,软件,转录组学 |
版本 |
1.22.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.8(R-3.5)(5.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0) |
进口 |
注释Dbi,批注中心,垃圾桶,奶牛场,数据表,数字播放器,DT公司,快速比赛,fgsea公司,ggplot2,gg排斥、图形、,高特许权,html工具,高温气冷堆,利马,方法,并行,pbapply(应用程序),呜呜声,qs(质量),R.utils公司,读取xl,重塑2,rhdf5型,爱尔兰航空公司,规模,闪亮的(>= 1.7.0),小贩,统计,易怒的,工具,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://nuno-agostinho.github.io/cTRAP https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP |
错误报告 |
https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues |
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程序包档案
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