基本质量控制
使用Illumina Basecalling和多路分解输入和输出文件
生物导体版本：释放（3.19）
basecallQC软件包提供了用于Illumina bcl2Fastq（版本>=2.1.7）软件的工具。在使用bcl2Fastq软件进行基本调用和解复用之前，basecallQC功能允许用户将Illumina样本表从版本<=1.8.9更新为>=2.1.7标准，清除样本表中的常见问题，例如无效的样本名称和ID，创建读取和索引基掩码以及bcl2Fastq命令。在生成基本调用和解复用数据之后，basecallQC包允许用户从Illumina XML输出文件生成HTML表、绘图和自我包含的汇总指标报告。
作者：托马斯·卡罗尔和玛丽安·多尔
维护人员：托马斯·卡罗尔（Thomas Carroll）<tc.infomatics at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“basecallQC”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“basecallQC”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“basecallQC”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,基础设施,质量控制,排序,软件 |
| 版本 |
1.28.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳3.5（R-3.4）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=3.4），统计数据，实用工具，方法，rmarkdown公司,针织物,美女医生,山药 |
| 进口 |
ggplot2,字符串,XML格式,光栅,数字播放器,数据表,第三年,马格里特,DT公司,懒惰的,ShortRead（短阅读） |
| 系统要求 |
bcl2Fastq（版本>=2.1.7） |
| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
