annmap（自动地图）

与Affymetrix阵列和NGS分析相关的基因组注释和可视化包。

生物导体版本：释放（3.19）

anmap为Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询提供注释映射，以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，API提供了一组函数，如genesInRange（）、geneToExon（）、exonDetails（）等。还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的函数。基础数据来自Ensembl。annmap数据库可以从以下位置下载：https://figuhare.manchester.ac.uk/account/articles/16685071

作者：蒂姆·耶茨（Tim Yates）。Yates at cruk.manchester.ac.uk>

维护人员：克里斯·沃思（Chris Wirth）<克里斯托弗（Christopher）。沃思在cruk.manchester.ac.uk

引文（从R中输入引文（“annmap”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“annmap”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“annmap”）

annmap安装说明	PDF格式
annmap底漆	PDF格式
Annmap食谱	PDF格式
参考手册	PDF格式
自述	文本
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	注释,微阵列,一个频道,报告写作,软件,转录,可视化
版本	1.46.0
在生物导体中	生物C 2.11（R-2.15）（12年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=2.15.0）、方法，基因组范围
进口	数据库接口,RMySQL(>= 0.6-0),消化,博科生物，网格，晶格,Rsamtools软件,基因过滤器,I范围,生物遗传学
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/cruk-mi/annmap

建议	RUnit（运行单位）,罗杰森,Gviz公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	annmap_1.46.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	annmap_1.46.0.tgz
macOS二进制（arm64）	annmap_1.46.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/annmap
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/annmap网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/annmap/
软件包下载报告	下载统计信息