雅加达

另一个用于特征分析的软件包

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包为突变特征的监督分析提供了功能和例行程序（即，特征必须已知，参见L.Alexandrov等人，《自然》2013年和L.Alextrov等人，Bioaxiv 2018年）。特别是，功能系列LCD（LCD=线性组合分解）可以使用最佳的特定于特征的截止值，该截止值考虑不同特征的不同可检测性。此外，该软件包还提供了不同的突变签名集，包括COSMIC和PCAWG SNV签名以及PCAWG Indel签名；后者推断，利用YAPSA，将突变签名的监督分析概念扩展到Indel签名。YAPSA还提供了由剖面可能性计算的置信区间，并可以对分层突变目录（SMC=分层突变目录）进行特征分析，以分析不同地层中特征的富集和亏损模式。

作者：Daniel Huebschmann[aut]、Lea Jopp Saile[aut]、Carolin Andresen[aut]、Zuguang Gu[aut，cre]、Matthias Schlesner[aut]

维护人员：祖光顾<z.Gu at dkfz.de>

引文（从R中输入引文（“YAPSA”）)以下为：

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“YAPSA”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“YAPSA”）

1.YAPSA的使用	HTML格式	R脚本
2.特定于特征的截止值	HTML格式	R脚本
3.置信区间	HTML格式	R脚本
4.突变特征的分层分析	HTML格式	R脚本
5.索引特征分析	HTML格式	R脚本
6.YAPSA用于WES数据	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	生物学问题,群集,DNASeq公司,基因组变异,排序,软件,体细胞突变,统计方法,可视化
版本	1.30.0
在生物导体中	生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.0.0），基因组范围,ggplot2，网格
进口	limSolve（极限解算）,躯体特征,变量注释,基因组信息数据库,重塑2,额外网格,校正图,右旋糖,GetoptLong（获取长）,绕圈子,格特里斯,do并行，平行，PMCMR加,ggbeeswarm群,复杂热图,KEGGREST公司，gr设备，生物串,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,马格里特,普拉克马,数字播放器，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	测试那个,仿生风格,针织者,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	YAPSA_1.30.0.tar.gz标准
Windows二进制	YAPSA_1.30.0.zip码
macOS二进制（x86_64）	YAPSA_1.30.0.tgz
macOS二进制（arm64）	YAPSA_1.30.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/YAPSA
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/YAPSA
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/YAPSA网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/YAPSA/
软件包下载报告	下载统计信息