TAD比较

TAD比较：差异TAD的识别和表征

生物导体版本：释放（3.19）

TADCompare是一个R包，用于识别和表征多个Hi-C接触矩阵之间的差分拓扑关联域（TAD）。它包含了在两个数据集之间查找差异TAD、查找随时间变化的差异TAD以及跨多个矩阵识别一致TAD的功能。它接受所有主要类型的HiC输入，并返回简单、全面、易于分析的结果。

作者：米哈伊尔·多兹莫罗夫[aut，cre]，凯伦·克雷斯韦尔

维护人员：米哈伊尔·多兹莫罗夫（Mikhail Dozmorov）

引文（从R中输入引文（“TADCompare”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“TADCompare”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“TADCompare”）

生物视图	群集,特征提取,HiC公司,排序,软件
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.0）
进口	数字播放器,PRIMME公司,集群,矩阵,马格里特,HiC比较,ggplot2,第三年,ggpubr公司,R彩色啤酒,重新整形2,奶牛场
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare网站
Bug报告	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare/issues网站

建议	生物风格,针织物,rmarkdown公司,微基准,测试那个,冠状病毒,情势图,光谱TAD,魔法,qpdf格式
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	TAD比较_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	TAD比较_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	TAD比较_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	TAD比较_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TAD比较
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/TADCompare
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TAD公司/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TAD比较/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档