现场清理
SpotClean调整空间转录组学数据中的点交换
生物导体版本：释放（3.19）
SpotClean是一种计算方法，用于调整空间转录组学数据中的点交换。最近的空间转录组学实验利用含有数千个斑点的载玻片，这些斑点具有结合mRNA的斑点特异性条形码。理想情况下，一个斑点上的唯一分子标识符测量斑点特异性表达，但这通常不是因为附近斑点出血造成的，我们称之为斑点交换。SpotClean能够估计观测数据中的污染率，并消除斑点交换效应的污染，从而提高下游分析的灵敏度和精度。
作者：倪子建[aut，cre]
，克里斯蒂娜·肯齐奥尔斯基
维护人员：倪紫剑<zni25 at wisc.edu>
引文（从R中输入引文（“SpotClean”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SpotClean”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“SpotClean”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,基因表达式,预处理,RNA序列,排序,单个单元格,软件,空间,转录组学 |
| 版本 |
1.6.1 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
stats、methods、utils、，数字播放器,S4载体,总结性实验,空间实验,矩阵,rhdf5型,ggplot2，网格，读取位图,罗杰森,易怒的,翡翠色，gr设备，R彩色啤酒,修拉,爱尔兰航空公司 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/zijianni/SpotClean网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/zijianni/SpotClean/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
