拼接向导
R中选择性剪接的交互式分析与可视化
生物导体版本：释放（3.19）
RNA测序数据中选择性剪接（AS）事件的分析和可视化仍然具有挑战性。SpliceWiz是一个用于AS分析的用户友好且性能优化的R包，它通过处理对齐BAM文件来量化跨拼接连接的读取计数，基于IRFinder的内含子保留量化，并支持新颖的拼接事件识别。我们使用归一化覆盖率为AS引入了一种新的可视化，从而允许跨条件的差分AS可视化。SpliceWiz具有一个基于闪亮的GUI，便于对结果进行交互式数据探索，包括基因本体丰富。它通过BAM文件的多线程处理和一种新的COV文件格式进行性能优化，以快速调用序列覆盖。总的来说，SpliceWiz简化了AS分析，能够可靠地识别功能相关的AS事件，以便进一步表征。
作者：Alex Chit Hei Wong【aut，cre，cph】，Ulf Schmitz【ctb】，William Ritchie【cph】
维护人员：Alex Chit Hei Wong<a.Wong at centenary.org.au>
引文（从R中输入引文（“SpliceWiz”）)以下为：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“拼接向导”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“拼接向导”）
细节
| 生物视图 |
交替拼接,覆盖范围,差异表达式,差分拼接,图形用户界面,RNA序列,排序,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），NxtIRF数据 |
| 进口 |
ompBAM公司，方法，stats，utils，工具，并行，规模,马格里特,卢比(>= 1.0.5),数据表,有限状态试验,ggplot2,批注中心,生物文件缓存,生物遗传学,BiocParallel公司,生物串,牛基因组,DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计,基因过滤器,基因组信息数据库,基因组范围,HDF5阵列,html工具,I范围,拼凑,情势图,进步,巧妙地,R.utils公司,rhdf5型,rtracklayer公司,总结性实验,S4载体,闪亮的,shiny文件,闪亮小工具,闪亮的仪表板,斯特林吉,可弹奏的,数据传输时间，gr设备，热铺层,矩阵统计,R彩色啤酒,服务器 |
| 系统要求 |
C++11，GNU制造 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/alexchwong/SpliceWiz |
| 错误报告 |
https://support.bioconductor.org/ |
查看更多
| 建议 |
针织者,rmarkdown公司,蜡笔、花键、，测试那个(>= 3.0.0),DESeq2公司,利马,双ExpSeq,边缘R,数据库接口,政府.db,注释Dbi,fgsea公司,R子阅读 |
| 链接到 |
ompBAM公司,卢比,zlibbico公司,Rcpp进度 |
| 增强功能 |
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生成报告 |
程序包档案
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