光谱TAD

SpectralTAD：使用光谱聚类的分层TAD检测

生物导体版本：释放（3.19）

SpectralTAD是一个R包，用于从Hi-C接触矩阵中识别拓扑关联域（TAD）。它使用改进版的光谱聚类，使用滑动窗口快速检测TAD。该函数适用于一系列不同格式的接触矩阵，并返回TAD坐标的床文件。该方法不需要用户调整任何参数来工作，并允许用户控制要返回的层次结构级别的数量。

作者：米哈伊尔·多兹莫罗夫[aut，cre]，凯伦·克雷斯韦尔[aut]，约翰·斯坦斯菲尔德[aut]

维护人员：米哈伊尔·多兹莫罗夫（Mikhail Dozmorov）

引文（从R中输入引文（“SpectralTAD”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SpectralTAD”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“SpectralTAD”）

生物视图	群集,特征提取,HiC公司,排序,软件
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.6）
进口	数字播放器,PRIMME公司,集群,矩阵，平行，生物并行,马格里特,HiC比较,基因组范围，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/dozmorovlab/SpetralTAD网站
错误报告	https://github.com/dozmorovlab/SpetralTAD/issues

建议	生物检测,生物技术经理,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,微基准,测试那个,覆盖（covr）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	TAD比较
链接到我
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	规格TAD_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	光谱TAD_1.20.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	光谱TAD_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	光谱TAD_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpectralTAD网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/SpectralTAD
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpetralTAD网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SpectralTAD网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源代码包	源存档