SigCheck（信号检查）

对照随机签名、已知签名和置换数据/元数据检查基因签名的预测性能

生物导体版本：释放（3.19）

虽然基因特征经常用于预测表型（例如预测癌症患者的预后），但并不总是清楚它们的最佳或有意义（cf David Venet、Jacques e.Dumont和Vincent Detours的论文“大多数随机基因表达特征与乳腺癌预后显著相关”）。基于该论文中的建议，SigCheck接受数据集（作为表达集）和基因签名，并将其在生存和/或分类任务中的性能与a）相同长度的随机基因签名进行比较；b）已知、相关和不相关的基因特征；和c）置换数据和/或元数据。

作者：罗里·斯塔克（Rory Stark）和贾斯汀·诺登（Justin Norden）

维护人员：罗里·斯塔克（Rory Stark）

引文（从R中输入引文（“SigCheck”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SigCheck”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“SigCheck”）

用SigCheck根据随机和已知签名检查基因表达签名	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,基因表达式,GeneSet扩展,软件
版本	2.36.0
在生物导体中	生物技术3.0（R-3.1）（9.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0.0），ML接口,博科生物,e1071号,生物并行,生存
进口	图形、统计、实用程序、方法
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,乳腺癌NKI,驱虫
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	信号检查_2.36.0.tar.gz
Windows二进制	SigCheck_2.36.0.zip码
macOS二进制（x86_64）	信号检查_2.36.0.tgz
macOS二进制（arm64）	信号检查_2.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigCheck网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/SigCheck
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SigCheck网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SigCheck网站/
软件包下载报告	下载统计信息