SVMDO公司
基于疾病本体支持的支持向量机识别肿瘤鉴别mRNA特征
生物导体版本：释放（3.19）
它是一个易于使用的GUI，使用疾病信息检测肿瘤/正常样本，从差异表达基因中识别基因集。我们的方法基于一种迭代算法，该算法使用疾病本体丰富分析过滤基因，并将wilk和wilk的lambda准则连接到SVM分类模型构建中。除了提取基因集外，SVMDO还提供了个体预后标记检测。该算法是为FPKM和RPKM规范化RNA-Seq转录组数据集设计的。
作者：穆斯塔法·埃尔汉·奥泽[aut，cre]
，佩姆拉·奥兹别克·萨里卡[aut]，卡齐姆·亚尔钦·阿尔加[aut]
维护人员：穆斯塔法·埃尔汉·奥泽（Mustafa Erhan Ozer）<erhanozer19 at marun.edu.tr>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SVMDO”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
分类,差异表达式,图形用户界面,GeneSet扩展,RNA序列,软件,生存,转录组学 |
| 版本 |
1.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.17（R-4.3）（1年） |
| 许可证 |
GPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=4.3），闪亮的(>= 1.7.4) |
| 进口 |
shiny文件(>= 0.9.3),发光体(>= 0.1.0),傀儡(>= 0.3.5),北欧(>= 1.0-4),e1071号(>= 1.7-12),BSDA公司(>= 1.2.1),数据表(>= 1.14.6),sjmisc公司(>= 2.8.9),klaR（千帕）(>= 1.7-1),caTools（计算机辅助工具）(>= 1.18.2),插入符号(>= 6.0-93),生存(>= 3.4-0),剂量(>= 3.24.2),注释Dbi(>= 1.60.0),组织Hs.eg.db(>= 3.16.0),数字播放器(>= 1.0.10),总结性实验（>=1.28.0），grDevices、graphics、stats、utils |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
|
| 错误报告 |
https://github.com/robogeno/SVMDO/问题 |
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程序包档案
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